Il nome di Mortara viene per la prima volta alla ribalta in modo chiaro nell'VIII secolo; il nome deriverebbe da "Mortis Ara" (altare dei morti), che fu dato alla città dopo la sanguinosa battaglia tra i Franchi di Carlo Magno ed i Longobardi di Desiderio.
Per quanto non si conosca con sicurezza assoluta l'origine dell'abitato di Mortara, diversi ritrovamenti archeologici ne fanno legittimare l'attribuzione al IV secolo dopo Cristo.

La storia di Mortara è soprattutto legata alla diffusione del Cristianesimo.
Il rifiorire in Europa della spiritualità che caratterizza la fine del primo e l'inizio del secondo millennio, porta ad un intensificarsi del fenomeno dei pellegrinaggi verso i luoghi santi del mondo cristiano. Mortara si collocava esattamente lungo la "Via Francigena" una delle strade che dalla Francia conduceva sovrani, imperatori, plebei e religiosi a Roma. Secoli di pellegrinaggi hanno reso la città un fiorente centro, attivo e operoso, tutte qualità di cui oggi la cittadina gode ancora.