La storia dell’Università di Pavia è una storia antica: risale infatti all’825 quando l’imperatore Lotario riordinò l'istruzione superiore nel Regno Italico. Nella città sede della corte imperiale si insegnavano diritto e retorica, ma la vera fondazione di una moderna università a Pavia risale al 1361, per volontà dell’imperatore Carlo IV su pressioni di Galeazzo II Visconti duca di Milano.
Fu poi merito di papa Bonifacio IX se l’Università di Pavia ottenne gli stessi privilegi di Parigi e Bologna: vi si insegnava diritto canonico e civile, filosofia, medicina e arti liberali e già sul finire del Trecento giuristi famosi come Baldo degli Ubaldi scelsero la città sul Ticino come sede ideale per i propri insegnamenti. A lui fecero seguito, fra i tanti nomi illustri, Lorenzo Valla e Giasone del Maino, Andrea Alciato e Gerolamo Cardano che nobilitarono l’Università pavese fra Quattrocento e Cinquecento.
Una profonda crisi corrispose all’età della dominazione spagnola, durante la quale -comunque- si distinse fra i docenti il nome di Gerolamo Saccheri, anticipatore delle geometrie non euclidee.
Grazie all’impulso conferito dall’impegno dei dominatori austriaci (in particolare Maria Teresa e Giuseppe II) in pieno Settecento, l’Università rinacque e si potenziò, assumendo anche dal punto di vista architettonico e funzionale l’aspetto attuale. Lazzaro Spallanzani nelle scienze naturali, Lorenzo Mascheroni nelle matematiche, Alessandro Volta nella fisica, Antonio Scarpa nell'anatomia e poi successivamente Vincenzo Monti e Ugo Foscolo sulla cattedra di eloquenza e di Gian Domenico Romagnosi in diritto civile illuminarono di scienza assoluta la città in epoca illuminista e preromantica.
Fra Ottocento e Novecento i nomi di Eugenio Beltrami, Felice Casorati e Luigi Berzolari, insieme a quelli di Camillo Golgi (premio Nobel nel 1906 per i suoi studi sulla struttura del sistema nervoso), Carlo Forlanini, Pasquale Del Giudice, Arrigo Solmi, Contardo Ferrini, Pietro Bonfante, Luigi Cossa, Benvenuto Griziotti, Giacinto Romano, Plinio Fraccaro (dinamico Rettore del secondo dopoguerra) spiccano su tutti per impegno nello studio e nella divulgazione accademica.
Già dalla metà del secolo XVI Pavia era dotata di due grandi Collegi Universitari, Borromeo e Ghislieri, che avevano svolto nel secolo XIX un ruolo importante nella preparazione culturale di buona parte della classe dirigente e intellettuale lombarda e italiana. Nel piano di potenziamento delle strutture universitarie dopo il 1945 ebbe parte centrale un grande sviluppo di questo caratteristico aspetto della vita universitaria pavese.
La creazione di nuovi Collegi fu intesa come la via migliore per favorire l'accesso di giovani meritevoli ad una cultura non più riservata a pochi, ma socialmente aperta senza perdere di serietà. I Collegi universitari pavesi, privati o gestiti dall'Isu, sono ora 17.
Nel corso degli anni Sessanta, alle Facoltà tradizionali si sono aggiunte quella di Economia e Commercio e di Ingegneria. Lo sviluppo delle strutture didattiche e scientifiche (biblioteche, laboratori, seminari) è continuato senza sosta, caratterizzando sempre più l'Università di Pavia come istituzione di ricerca e di studio a livello internazionale.